La Batllia, reconocida como subcomarca de la Cerdanya, tiene unos orígenes que se remontan al antiguo pagus de Talló, del siglo IX. Situado estratégicamente en la frontera entre los condados de Cerdanya y Urgell, el núcleo principal de Bellver de Cerdanya fue castillo de vigilancia de las importantes comunicaciones que pasaban por la zona.

El desarrollo como Villa comenzó en 1225, gracias a la carta de población que le fue otorgada por Jaime I, que hizo pasar el camino real que iba desde la Seu de Urgell a Puigcerdà por el núcleo de Bellver. Se construyeron torres y murallas, y sus habitantes tuvieron privilegios que ampliaron los monarcas posteriores.

Dada su posición cerca de la frontera con Francia, Bellver sufrió el ataque constante de las tropas francesas durante siglos y llegó a ser ocupada a menudo entre los siglos XV y XVIII.

Esos no fueron los únicos conflictos que sufrió la villa. El bandolerismo y el enfrentamiento entre los nyerros y cadells que dividían la nobleza catalana durante los siglos XVI y XVII- tuvo como escenario principal la población, donde aún se conserva la torre de Cadell, una antigua masía fortificada. El antiguo castillo quedó destruido con la explosión del polvorín en 1665.

En el siglo XIX, el poeta romántico Gustavo Adolfo Bécquer hizo estancia de unos meses en una fonda de Bellver, donde inspirarse en paisajes y leyendas locales para escribir la obra La cruz del diablo.

La Guerra Civil tuvo un episodio que forma parte de la memoria colectiva de Bellver, cuando unos jóvenes del pueblo mataron a un caudillo anarquista en 1937 disparando desde un punto elevado del municipio.